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相続物件の売却に伴う3000万特別控除の申請をし税務署から3月15日を過ぎても連絡が無い場合は適用と判断していいのでしょうか？
または半年後とかに遅れて適用出来なかった等の通知が来たりする事はあるのでしょうか？
回答
１）3000万円特別控除に限らず、確定申告そのものが一旦税務署が受ける期限が3月15日（コロナなどの事情による延長は4月15日）になっているだけですので、税務署が内容を判断して質問がある場合は、その後「お尋ね」が来たり、訪問調査が来る場合もあります。
２）お尋ねや調査の結果、特別控除の適用ができないと判断された場合は、その分所得税が課税されるので修正申告し、納付することになります。
★ご自身の計算や申請が正しいかどうについて、お近くの税務署の代表番号に電話して音声案内で1番を押しますと、国税局の電話相談センターに繋がりますので、そちらで3000万円の特別控除の申告内容を説明して、問題がないかどうかをアドバイスをもらうこともできますので、やってみられると安心できると思います。（私もよく使っておりますが、この時期は混みますので、朝一番（9時ころ）にお電話されてみると比較的繋がり易いかと思います。